巴庙镇位于县境东部,镇人民政府驻地巴庙街,距县城65公里。东经108°11´，北纬32°31´。东接紫阳县尚坝镇,西连观音镇,南邻田坝和紫阳县万兴镇,北依碾子镇。东西宽17.4公里，南北长21.9公里，面积158.63平方公里。有常住居民4481户18074人。地势西北高，东南低，最高海拔花尖寨1686米，最低海拔烂柴沟416米，为全县海拔最低点。主要河流为发源于老南山和平安的偏溪河和楮河，有较为丰富的水能资源，其中楮河为镇巴县年径流量最大的河流。镇巴至碾子公路经巴庙集镇穿境而过。